Se me ocurre añadir un parámetro de opción al instalador del parche MSI para poder controlar cuándo se detiene el servicio de ArcGIS Server o Portal antes de aplicar el parche y cuándo se vuelve a iniciar después de aplicarlo.
Por ejemplo, si tengo que instalar 3 parches de Portal, quiero detener el servicio de Portal, esperar a que la máquina deje de estar en buen estado y se elimine del ALB, aplicar los 3 parches y reiniciar el servicio. Después, quiero esperar a que vuelva a estar en buen estado para que empiece a aceptar tráfico de usuarios.