S novou verzí ArcGIS Pro 3.0 je třeba myslet na kompatibilitu projektů a jejich součástí mezi různými verzemi ArcGIS Pro.
Jelikož číslo 3 označuje novou hlavní verzi programu, která obsahuje přelomové změny ve funkcionalitě, není možné projekty uložené ve verzi 3.0 a novější otevřít ve verzích 2.0-2.9. Hlavním důvodem je, že se změnil interní formát zápisu souborů projektu z XML na JSON. Kompatibilita projektů je zaručena vždy mezi minoritními verzemi v rámci hlavní verze, tedy 2.0-2.9 a 3.0-3.x.
Pokud byl aktuální projekt původně vytvořen v ArcGIS Pro 2.x, zobrazí se před uložením změn ve verzi 3.x upozornění. Pokud chcete projekt pro verzi 2.x zachovat, doporučuji ve verzi 3.x uložit kopii projektu pomocí – Uložit jako, která zachová původní projekt beze změny.

Pokud je potřeba projekt uložený ve verzi 3.x otevřít ve verzi 2.x, je třeba vytvořit balíček projektu. K tomu je možné využít nástroj Nový projektový balíček na pásu karet Sdílet nebo geoprocessingový nástroj Sbalit projekt do balíčku (Package Project), který naleznete v Toolboxu – Správa dat. Tento nástroj je možné také využít pro hromadný převod projektů buď dávkou, pomocí ModelBuilderu, nebo v Python scriptu.
Soubory projektu
Kromě samotného souboru projektu (.aprx), je třeba myslet také na kompatibilitu dalších součástí projektu. Mobilní mapové balíčky (.mmpk) jsou kompatibilní s ArcGIS Pro 3.x i 2.x.
Soubory .mapx, .lyrx, .rptx a .pagx nelze otevřít ve verzi 2.x, pokud byly vytvořeny nebo uloženy ve verzi 3.x.
Styly
Styly (.stylx) z verze 2.x je možné ve verzi 3.x otevřít pouze pro čtení. Pro úpravy je třeba upgradovat na verzi 3.x. Při upgradu se vytvoří automaticky záložní kopie kompatibilní s verzí 2.x.
Upgrade je možné provést přes kontextové menu v okně Katalog.

Geodatabáze
Některé datové sady vytvořené ve verzi 3.x nemusí být kompatibilní s předchozími verzemi. Anotace (Annotations) a Kóty (Dimensions) vytvořené nebo aktualizované na verzi 3.x nefungují ve verzi 2.x. Aktualizace se provádí nástrojem Aktualizace datové sady (Upgrade Dataset).
Inženýrské sítě (Utility Network) a trasovací sítě (Trace Network) vytvořené ve verzi 3.0 nefungují ve verzi 2.x.
Geokódování
Nástroj Vytvořit lokátor adres (Create Address Locator) byl ve verzi 3.0 odebrán. Lokátory vytvořené pomocí tohoto nástroje jsou ve verzi 3.0 odebrány a nelze je přidat do ArcGIS Pro 3.0 nebo novějších. Před upgradem na ArcGIS Pro 3.0 zjistěte, které lokátory byly vytvořeny pomocí zastaralého nástroje. Pro zjištění verze lokátoru otevřete vlastnosti lokátoru v ArcGIS Pro 2.x. Pokud v části O lokátoru uvidíte číslo verze 10.x, byl lokátor vytvořen zastaralým nástrojem a bude třeba jej vytvořit znovu nástrojem Vytvořit lokátor (Create Locator).

Geoprocessing
Verze 3.0 přináší nový formát souboru toolboxu (.atbx), který je kompatibilní s verzí 2.9. Starší soubory toolboxů (.tbx) lze ve verzi 3.0 otevřít jen pro čtení. Nástroje starších toolboxů jsou ve verzi 3.0 funkční. Chcete-li však provést jakékoli změny nástroje, budete muset nástroj zkopírovat do nového formátu toolboxu (.atbx).
Kompletní podrobný popis kompatibility a změn je popsán v dokumentaci ArcGIS Pro na stránce Migrace z ArcGIS Pro 2.x na 3.x.