谷線を判別するためにDEMを反転させて水文解析を行っているのですが、その際標高が低い地点の集水域が図のようになってしまい上手く抽出できません。修正する方法があれば教えていただきたいです。
水文解析をする前のDEMに対して、窪地をなくする前処理をして、サーフェスの平滑化(Fill)を行うようにするのが一般的です。
詳細はArcGIS のヘルプ で水文解析ツールセットの内容を一読することをお勧めします。
またArcGIS のバージョンは古いですが、水文解析の手順は変更がないので、こちらもご参照ください。